金陵研究院下设院长、执行院长，院长由南京农业大学校长陈发棣兼任，执行院长由南京农业大学副校长丁艳锋兼任。

金陵研究院成员单位包括国际合作与交流处（港澳台办公室）、研究生院、教务处、教育基金会办公室、图书馆（文化遗产部）、农学院、植物保护学院、资源与环境科学学院、园艺学院、经济管理学院，成员单位主要负责人任院务委员。

金陵研究院下设办公室,办公室设在南京农业大学教育发展基金会办公室。